Pada masa ini, pondasi awal madrasah dibangun, baik dari sisi infrastruktur maupun tata kelola pendidikan.
Memasuki tahun 1993, tongkat estafet kepemimpinan dilanjutkan oleh Drs. Zamri Paris hingga tahun 1999.
Di bawah kepemimpinannya, madrasah mulai memperluas jaringan kerja sama dengan berbagai pihak, serta meningkatkan mutu pembelajaran. Periode ini menjadi salah satu masa penguatan kurikulum dan pembentukan karakter siswa yang lebih terarah.
BACA JUGA:Siswa MTs N 1 Prabumulih Berjuang Di Ternate
BACA JUGA:Pesantren Ramadhan MTs 1 Prabumulih Cetak Muslim Berkualitas
Selanjutnya, pada tahun 1998 hingga 2003, madrasah dipimpin oleh Drs. HM Kamil Tarmizi. Meski terdapat tumpang tindih awal masa jabatan dengan pemimpin sebelumnya, namun kontribusinya dalam membangun kedisiplinan dan memperluas fasilitas sekolah patut diapresiasi.
Beliau juga dikenal sebagai sosok yang tegas namun dekat dengan siswa dan guru. Kepemimpinan berikutnya dipegang oleh Drs. H. Imam Suryadi, M.Pd.I, pada periode 2003 hingga 2006.
Lalu Periode 2007 hingga 2012, kepemimpinan dipegang oleh Drs. M. Taher, M.Pd.I. Beliau fokus pada peningkatan kualitas guru melalui berbagai pelatihan dan workshop. Program-program pembinaan akademik serta penguatan nilai-nilai akhlak menjadi ciri khas dari masa kepemimpinannya.
Kemudian, Drs. Syamsul Arifin, M.Pd.I, memimpin pada tahun 2012 hingga 2014, dilanjutkan oleh Drs. Masyani Tusin pada periode 2014 hingga 2018. Masa ini dikenal sebagai era percepatan pembangunan sarana prasarana, termasuk renovasi ruang kelas dan penambahan fasilitas penunjang pembelajaran berbasis teknologi.
BACA JUGA:Mts Negeri 1 Prabumulih Langsung Tes BTA pada Saat SPMB
BACA JUGA:MTs Prabumulih dukung Gerakan penanaman Sejuta Pohon Matoa
Memasuki tahun 2019 hingga 2021, kepemimpinan berada di tangan Dr. H. M. Amin, MM. Fokus utama pada masa ini adalah penyesuaian sistem pembelajaran menghadapi era digital dan pandemi COVID-19, yang menuntut adaptasi cepat melalui pembelajaran daring.
Setelah itu, pada 2021 hingga 2023, Amrullah, S.Pd.I, melanjutkan kepemimpinan dengan memperkuat kegiatan keagamaan dan pembinaan karakter siswa. Sejak 2023 hingga sekarang, Drs. Diam Hidayatullah, M.Si, resmi menjabat sebagai kepala MTs Negeri.
Di bawah kepemimpinannya, madrasah terus melanjutkan visi meningkatkan mutu pendidikan, memperluas inovasi pembelajaran, dan membangun citra positif di masyarakat.
Kegiatan ekstrakurikuler diharapkan dapat menjadi wadah para siswa mengembangkan diri dan dapat meraih prestasi di bidang non akademik seperti bidang seni dan olahraga.