Hubner bermain di tim yunior Willem II dan Brabant United serta untuk klub kampung halamannya FC Den Bosch.
Sebagai pemain muda, Hubner bergabung dengan akademi muda tim lapis kedua di tim FC Den Bosch.
Pada Februari 2020 Hubner bergabung dengan Wolverhampton Wanderers dari FC Den Bosch, di mana klub barunya itu menyatakan akan memasukkan Hubner ke akademi mereka.
Pada tanggal 1 Februari 2023 klub mengumumkan Hubner telah menandatangani kontrak baru berdurasi dua setengah tahun yang menahannya di Wolves hingga Juni 2025.
Pada Oktober 2022 Hubner dikaitkan dengan panggilan ke tim nasional sepak bola Indonesia.
Manajer Indonesia Shin Tae-yong menyebut Rafael Struick, Ivar Jenner, dan Hubner sebagai pemain Eropa yang berpotensi dipanggil timnas menjelang Piala Asia AFC 2023 serta status Indonesia yang menjadi tuan rumah Piala Dunia FIFA U-20 2023.
Hubner bergabung dengan skuat Indonesia untuk pemusatan latihan di Turki pada November 2022.
Dia mengatakan, saya saat ini berada di Turki untuk bergabung dengan tim nasional Indonesia.
" Saya sangat senang memiliki kesempatan untuk bermain dengan teman-teman saya. Saya berharap dapat mengharumkan nama Indonesia," katanya pada sat itu.
Pada 17 November 2022, ia bermain untuk Indonesia U-20 melawan Prancis U-20 dalam pertandingan persahabatan di Spanyol.
Dia juga bermain melawan Slovakia U-20 dua hari kemudian.
Hubner juga mewakili tim nasional sepak bola Belanda U-19, dan pada 25 Maret 2023 dia bermain untuk Belanda U-20 dalam pertandingan persahabatan melawan Prancis U-20.
Ibu Hubner adalah Belanda sedangkan ayahnya adalah Indonesia, berkeluarga di Jakarta dan Makassar, dan neneknya berasal dari Bandung.
Hari ini, 6 Desember 2023, Justin Hubner akhirnya resmi mengemban status Warga Negara Indonesia (WNI) setelah menjalani sumpah setia di Kanwil Kemenkumham DKI Jakarta.(Disway.id)